¿Existe el VIH? (II): Evidencias físicas del VIH.

Proteína GAG del VIH ensamblándose y saliendo por gemación de la membrana
plasmática. Autoría: The Lingappa Lab & The Fred Hutchinson Cancer Research
EM facility, 2006. Fuente: https://depts.washington.edu/jaisril/microscopy/

La semana pasada comenzábamos una serie de ocho artículos que pretende dar respuesta a algunas de las personas que niegan la existencia del VIH y/o su relación causal con el SIDA. Comentábamos cómo se descubrió el virus y cómo, desde el mismo momento de su aparición, hubo un movimiento que se lanzó a una carrera para negar cualquier paso que se diera en la investigación relacionada con el VIH, negando su relación con el SIDA o incluso llegando a decir, bien que el VIH no era patógeno, como Peter Duesberg, bien que el SIDA se debía a otras circunstancias como la pobreza o el sexo homosexual, como el grupo de Perth.

Hoy vamos a tomar una de las alegaciones centrales de su negación: que no hay evidencias de la existencia del virus. Vamos a coger varias de estas evidencias físicas de la existencia del VIH y las iremos comentando poco a poco, desgranándolas con el fin de demostrar si el VIH existe y si su presencia se ha ido confirmando, y no sólo por haberse visto el propio virus, sino por otros métodos.

Evidencias del VIH

En mi artículo anterior os he intentado resumir de la mejor forma que he podido cuál es el origen de esta conspiranoia ridícula sobre la inexistencia del VIH. Si lo leéis, y sobre todo, si leéis a alguno de estos conspiracionistas peligrosos, os daréis cuenta de que su argumentación se basa en dos puntos fundamentales: el primero es que el VIH no se ha aislado; el segundo, que las pruebas que se utilizan como diagnóstico no sirven en el mismo. Vamos a ir desgranando poco a poco estas alegaciones y vamos a demostrar que son falsas. Presentando pruebas de verdad

Muchos de los negacionistas del SIDA/VIH ni siquiera entienden cómo se realizan estos tests. De hecho, incluso llegan a confundir enzimas del VIH con enzimas humanas. Piensan que la detección de la actividad de la enzima del virus se realiza poniéndola a funcionar y comprobar qué ocurre. También vamos a demostrar por qué están equivocados.

Vamos con ello.

Micrografías del virus

Partículas virales abandonando una célula HeLa. Foto al SEM:
Thomas Deerninck. Fuente: http://www.cell.com/pictureshow/hiv
(fotografía número 10)

Este argumento, además, suele mutar en "nunca se ha fotografiado el virus" o "desde que se descubrió no se han mostrado micrografías del virus". Pero tanto la afirmación original como estas dos últimas afirmaciones pueden descartarse fácilmente. Tan fácilmente como ir a Google Imágenes y buscar "HIV particle micrographs". Las podéis encontrar de toda condición: coloreadas, sin colorear, de transmisión, de barrido... Allí podéis acceder a las imágenes tan fácilmente como he accedido yo.

Como parece, las partículas virales o viriones, son muy fáciles de fotografiar si alguien sabe cómo hacerlo. Y no parece que

Viriones vistos al microscopio electrónico transmisión.
http://library.med.utah.edu/WebPath/jpeg2/AIDS109.jpg

nos falten expertos en fotografía electrónica, tanto de barrido como de transmisión, que puedan hacer fotos que nos puedan servir para demostrar la presencia del VIH en cultivos y preparaciones. De hecho, tenemos tan buenos expertos en estos temas que son capaces de colorear y señalar aquellas partes más interesantes. Así de fácil es comprobar que estas micrografías están por todas las revistas, blogs, páginas, etc., que tienen alguna relación con el VIH, ya sea divulgación, investigación científica, información ciudadana... El VIH existe, por lo tanto, y se ha fotografiado. No ha dejado de fotografiarse desde que tenemos las herramientas para hacerlo. Y, personalmente, dudo que dejemos de hacerlo, al menos hasta que consigamos arrinconar al virus o eliminarlo.

Pero, ¿se ha aislado el virus? Esta afirmación, a pesar de mostrar las fotos puede seguir ahí latente. Vamos, es posible que al ver las fotos, algún negacionista del VIH diga: "es verdad, existe el virus. Pero eso no significa que se haya aislado". Bien, vamos a ver si se ha aislado o no.

Ya no es sólo que los grupos de Montagnier y Gallo lo aislaran en su momento, que lo hicieron. Es más, ninguno de los dos niega que exista el virus, como algunos predican, basándose en una entrevista de la revista negacionista Continuum (cuyos dos editores murieron por causas asociadas al SIDA) en la que Montagnier decía que no habían aislado el virus. Sin embargo, en un ejercicio de cherry picking, olvidan mencionar que al conseguir que el virus se transmitiera o que se detectó su retrotranscriptasa (que no funciona si no es con unas moléculas de ARN que permiten el inicio de la reacción, llamadas cebadores, por lo que no puede confundirse con hTERT, como explicaré más adelante) ya se había aislado el virus.

De hecho, con buscar en internet algo tan sencillo como "HIV virion isolation protocol" se obtienen varios protocolos de aislamiento de partículas víricas del VIH. Encontramos uno con casi 30 años, como es el protocolo de aislamiento de Meltzer, que es de 1988. Es más, incluso se han desarrollado protocolos para aislar viriones defectivos en algunas proteínas de la cápsida (la envuelta proteica del virus), como la p6, que se utiliza como diana para aislamiento por cromatografía de afinidad utilizando anticuerpos específicos frente a proteínas del VIH. También se ha conseguido aislar por cromatografía de intercambio iónico, como en este protocolo de 1998.

Otras evidencias

Vale. Ya hemos visto el virus. Vamos a admitir que el virus existe. O al menos, vamos a admitir que ahí se ha fotografiado un virus. ¿Cómo sabemos si ese virus, hipotéticamente VIH, es de verdad un virus aparte y no una secuencia propia, del propio genoma humano? ¿Cómo sabemos si sus proteínas son de verdad del VIH y no de otro ente biológico? ¿Qué otras pruebas tenemos de su existencia?

Genoma del VIH

En primer lugar tenemos su genoma. Un genoma que es completo. El genoma del VIH contiene 9181 bases de ARN que codifica 12 proteínas provenientes de 9 genes. Como comprenderéis, si el virus no existiera o no se hubiera aislado, nosotros no tendríamos ni la secuencia de su genoma ni de sus proteínas, pues no podríamos haberlas secuenciado si no existieran. Pero, ¿podemos saber si existen otras secuencias de ADN que coincidan con las del VIH? Pues para comprobarlo, vamos a hacer un pequeño experimento.

Si acudís al primer enlace que os doy en el párrafo anterior, podéis hacer un BLAST. ¿Que qué es un BLAST? Un BLAST es una herramienta informática que consiste en alinear secuencias de ADN/ARN/proteínas entre sí y comprobar si hay parecido entre unas y otras. Partimos de una secuencia de interés, en este caso, el genoma del VIH que aparece en la página del National Health Institute de Estados Unidos. Allí podemos encontrar la herramienta BLAST incrustada para comparar el genoma del VIH con la biblioteca de secuencias genómicas del NIH. De esta forma encontramos secuencias de ADN que tienen homología con regiones más o menos amplias del VIH. Nosotros vamos a hacer un BLAST de todo el genoma completo. Después podéis, si queréis, trocearlo y buscar por vuestra cuenta secuencias que sean homólogas a esos fragmentos que hayáis elegido.

Entrad al enlace, mirad a la derecha y haced click en
Run BLAST. Encontraréis las secuencias que más se parecen
al genoma del VIH.

Fijaos en la imagen que hay justo aquí a la derecha. Está en el mismo enlace que os pongo más arriba del genoma del VIH. En esa página, mirad en la parte derecha y encontraréis lo mismo que se ve en la imagen. Una vez allí, haced click en Run BLAST, como señala la flecha. Os abrirá una página para que escojáis las opciones del análisis. Bajáis hasta el epígrafe Program Selection y escoged el análisis más laxo, el último, el llamado somewhat similar sequences. Así comparará el genoma del VIH con cualquier secuencia que se le parezca mínimamente de entre todos los genes almacenados, secuenciados y descritos en la base de datos del National Health Institute de Estados Unidos. Esperad a que acabe el análisis. Cuesta. Es algo lentita la aplicación, dependiendo de la gente que haya conectada a ese momento a ella. Cuando acabe, mirad las secuencias que salen.

El resultado es que no existe ninguna secuencia mínimamente homóloga que no sea del VIH. ¿Qué quiere decir esto? Pues que no existe nada remotamente parecido al VIH entre todo lo que hay secuenciado en el NIH. ¿No os lo creéis? Vale, vamos a hacer un control. En la misma página, arriba del todo, haced click en BLAST. Se os abrirá otra página con una casilla para búsquedas. Allí, haced click en nucleotide blast. Y cuando se os abra la página, copiad y pegad lo siguiente: M22877. Este númerito es el código que se asigna al gen del citocromo c, una proteína implicada en la cadena respiratoria mitocondrial. Escoged el mismo tipo de análisis y corred el BLAST. Cuando acabe, encontraréis que entre los resultados, además de proteínas humanas, hay proteínas de chimpancé, gorila e incluso aye-aye. Y es que el citocromo c es una proteína muy conservada que se encuentra a lo largo de toda la escala evolutiva. Los primeros 100 resultados llegan únicamente hasta primates. Pero esto os demuestra que la herramienta sirve para identificar secuencias en distintas especies.

Introducid el rango de nucleótidos que queréis analizar y analizaréis únicamente el fragmento del genoma del VIH elegido.
En el ejemplo se presenta el fragmento que codifica para la proteína GAG del VIH.

La propia herramienta BLAST nos permite hacer análisis de fragmentos del genoma. Vamos a escoger, como ejemplo, la proteína GAG de la cápside del virus. Esta está codificada por los nucleótidos 336-1838 del genoma del virus, según consta en el enlace del NIH. Así que hacemos click en Run BLAST igual y, tal como sale en la imagen de arriba, colocáis el fragmento que queréis analizar. Bajáis, hacéis click en Run BLAST y esperáis. ¿Qué obtenéis? Pues lo mismo: ningún gen de los que tenemos presenta similitud alguna con el gen de la GAG. Luego es un gen nuevo y perteneciente a un ente del que no poseemos ningún gen secuenciado. Probad a hacerlo con el fragmento 1631-4642. Es la polimerasa, también conocida como gp160. Aquí encontraréis coincidencia con un gen de otro virus, el virus de inmunodeficiencia de simios (SIV). El SIV está emparentado con el VIH y no infecta a humanos debido a una mutación que poseemos.

¿Qué podemos concluir de aquí? El BLAST es una herramienta de alineamiento y tiene sus limitaciones, por supuesto. Pero la búsqueda realizada compara la secuencia de vuestra elección con secuencias que se le parezcan. Al menos en una mínima parte. El hecho de que al buscar el genoma completo del VIH no aparezca ningún otro ente que no sea el propio VIH os da una idea de que el genoma del virus es único del virus y no existe nada que se le parezca. Así pues, la existencia de un genoma único de este tipo viene a demostrar la existencia del virus del cual procede.

Cabe matizar esta última afirmación: no conocemos ningún gen secuenciado y almacenado que se parezca, ni siquiera mínimamente, al genoma del VIH que no sea otro VIH. Así pues, no conocemos ningún ente biológico que pueda confundir su genoma o parte del mismo con el del VIH. El hecho de que haya secuencias similares en el SIV señala su parentesco evolutivo, dado que, como hemos señalado, el SIV no infecta a humanos.

Proteínas del VIH

Bueno, como podréis imaginar, si tenemos el genoma del VIH, podemos tener clonadas sus proteínas. Efectivamente, tenemos sus proteínas clonadas. Todas ellas aparecen en el mismo enlace que os di antes del genoma del VIH. Evidentemente, y como ya podréis imaginar, si el genoma del VIH es único del VIH, lo que tendremos, cuando se traduzca ese genoma, serán proteínas que son únicas del virus. ¿Seguro? Bueno, pues con el mismo sistema que hemos utilizado antes, el BLAST, podemos encontrar proteínas que sean similares a las del VIH.

En este caso, vamos a contar con la ayuda del portal ExPaSy para realizar este BLAST. Entrando por ahí en la base de datos de UniProt podemos acceder a la herramienta. Bien, pues sólo hace falta buscar las secuencias de las proteínas en el enlace del genoma de VIH y pegarla en la página de UniProt. Hacéis click en Run BLAST y esperáis, como siempre.

Haced click donde señala la flecha
y encontraréis todos los organismos
con proteínas homólogas a la que
estáis buscando en BLAST

Yo he hecho la prueba con la proteína GAG o p55, que es la precursora de diversas proteínas del VIH, tales como p17, p24 o p7. He escogido 1000 secuencias a comparar. De las 1000 secuencias, 999 corresponden al VIH y la secuencia que queda, corresponde a un virus de simios sin identificar. Podéis probar con todas las demás. Pero yo ya os anuncio que, al hacerlo, se obtiene lo siguiente:

- Con GAG: 999 de VIH + 1 de virus sin identificar.

- Con pol: 999 de VIH + 1 de virus sin identificar.

- Con p23: 999 de VIH + 1 de virus sin identificar.

- Con p15: 998 de VIH + 2 de virus sin identificar.  

- Con p14: 957 de VIH + 41 de SIV + 1 de Deltarretrovirus.

- Con p19: 994 de VIH + 6 de virus sin identificar.

- Con p16: 19 de virus sin identificar + 981 de VIH.

- Con env: 892 de VIH + 1 de SIV + 73 de SIV sin determinar + 34 de VIH sin determinar.

- Con p27: 1000 de VIH.

Esto es lo que obtendréis si pasáis un BLAST a las proteínas del VIH que se obtienen de su genoma. No encontraréis ningún resultado que las alinee con ningún otro organismo que no sea un virus. No encontraréis ninguna proteína homóloga en ningún otro organismo. Al menos dentro de las que hay registradas y se conocen, ojo. Que existe la posibilidad de que haya alguna proteína sin secuenciar que tenga una alta homología con estas. Exactamente igual que para el genoma.