Autofagia (II): ¡Huelga, huelga!

En el artículo anterior os contaba cómo la célula utiliza la autofagia para redecorar su interior, reorganizar sus orgánulos y deshacerse de todo aquello que le sobra, le estorba o le perjudica de alguna manera, como en uno de esos famosos programas de los canales de la TDT que se dedican a destruir tu casa por dentro para levantar una nueva en la que puedas vivir (y tener más espacio de almacenamiento, que, por alguna razón, es importantísimo tener siempre más). Pues hoy, continuando con la autofagia, vamos a ver cuál es el papel de este proceso en el desarrollo y progresión de la enfermedad, cuando el mecanismo, que pretende contribuir a la supervivencia y el buen funcionamiento, se convierte en una pesadilla de la que no se puede escapar.

Autofagia (I): la reforma fisiológica de las células

Yoshinori Ohsumi, galardonado
con el Nobel de Medicina en 2016.
Fuente.

Hace apenas tres semanas conocíamos el premio Nobel de Medicina de 2016. A pesar de que todos deseábamos que se lo dieran a Francis Mojica, investigador de la Universidad de Alicante y descubridor de CRISPR/Cas9, el galardón fue a parar al japonés Yoshinori Ohsumi, por su trabajo en los mecanismos de autofagia.

Sí, seguro que dicho así suena a insulto, no os lo voy a negar. Así que para que no llaméis a nadie autófago por la calle (o sí, a saber...), voy a ver si puedo explicar de forma clara lo que es este mecanismo, que tiene una importancia primordial en la vida celular, no sólo en situaciones patológicas, sino también en la fisiología normal del organismo.

La nueva generación

Hace unas semanas recibíamos, entre el escepticismo y la alegría, la nueva temporada de Órbita Laika. Nuevos colaboradores, nuevo formato, nuevo presentador... había muchas cosas nuevas. Yo me encontraba entre los que querían darle una oportunidad al programa. Iba a echar mucho de menos a los colaboradores antiguos, algunos de los cuales he tenido la suerte de conocer en persona y a los que aprecio profundamente. Pero al ser uno de los pocos programas de divulgación científica que tenemos en la televisión, he querido verlo y darle alguna oportunidad.

Desgraciadamente, el crédito que le había dado al programa, lo han quemado casi por completo en un par de emisiones. ¿Por qué? Bueno, pues voy a contároslo, porque yo también lo valgo.

Experimentación animal: unos números

Ratón de laboratorio sobre su jaula. Fuente.

Hace cosa de unas semanas, saltó a la palestra la noticia de que los científicos españoles, a través de las instituciones en las que trabajan, habían suscrito un acuerdo de transparencia en lo tocante a experimentar con animales. Sí, claro que sí, salieron los de siempre a decir bobadas, como que si la experimentación no era necesaria, como que no servía para nada, blablablá... Vamos, lo que ya hemos comentado otras veces y con lo que empecé mi andadura en este blog, así que no es hora de repetirlo, creo, aunque saldrán cosas que ya hemos comentado, seguro.

Con este artículo lo que quiero poner en negro sobre blanco son los números, a ver si así empezamos a asumir que no sale nada caro investigar con animales dados los beneficios que suele traer. Vamos a verlo.

Un parroquiano poco conocido (y III)

Amador Rivas (Pablo Chiapella), Leonardo Romaní (Luis
Miguel Seguí), Javier Maroto (Antonio Pagudo) y Vicente Maroto
(Ricardo Arroyo), parroquianos del Max&Henry, el bar de la serie
La que se avecina. Fuente.

Ya conocemos bastante mejor la historia de nuestro solitario parroquiano. Algunos se han acercado a él, han descubierto que lo que se cuenta, a menudo, es una gran cantidad de mentiras mezcladas con algunas verdades. Y, al final, tras conocerse, acaban haciendo grupito. Un grupito que nos resulta familiar y al que, de una manera u otra, nos conviene acercarnos. Y nos conviene porque quizá, algún día que no podemos prever, será ese parroquiano al que no nos atrevimos a acercarnos, quien nos preste la ayuda que necesitamos. Y no tiene por qué ser a nosotros, sino a algunos de nuestros amigos más queridos o nuestros familiares más cercanos. La quimioterapia ha cambiado mucho. Espero que también para vosotros con los dos artículos anteriores. Eso no cambia que, como los parroquianos de un bar, acabemos también acercándonos a los nuevos compañeros de barra.

Un parroquiano poco conocido (II)

Parroquianos del bar de Moe, en Los Simpson. Fuente.

Cuando uno se adentra en la historia del parroquiano que, solo, apura su copa, adquirimos un conocimiento nuevo, más profundo sobre él, sobre sus motivos, sobre las razones de su soledad y su oscuridad. Nos parece más cercano. Nuestro temor se diluye y nos sentimos impelidos a entablar un esbozo de conversación con él. Es posible que tanta soledad haya dado paso a una personalidad huraña que prefiere la compañía propia a la de los demás. El muro que se levantaba a su alrededor acabará por caer. No os preguntéis quién construyó dicho muro, si el que trasegaba licor sin límite como forma de alejar a los demás o los que lo miraban indiferentes sin siquiera acercarse a él por temor a las historias que ellos mismos habían inventado. Sin embargo, lo que es seguro es que cuando ese muro caiga, la familiaridad será completa.

Un parroquiano poco conocido (I)

El parroquiano de Giovanni Mochi.

Todos hemos estado en un bar alguna vez. Al menos, todos los que hemos tenido la suerte (o la desgracia, según se vea) de crecer en un pueblo o de pasar los tres meses de verano en él. Sí, ya sabéis, uno de esos pueblos en los que apenas hay un bar (o dos, si el pueblo tiene mucha suerte). Normalmente, en esos bares, durante las horas más cálidas, apenas están los chavales, que se refugian donde pueden de la calorina, mientras intentan aprender a jugar al mus o al tute poniendo en práctica, tímidamente, sus primeras artes. Cuando la tarde avanza y se puede jugar al frontenis o pasear en bicicleta sin sufrir un síncope, la clientela cambia, los padres y abuelos van sustituyendo a los hijos y nietos en las mesas con los tapetes verdes, las gastadas barajas, los amarracos y los tanteros de madera.

Sólo permanecen dos personajes: el dueño del bar, que es el que se encarga de que los chavales no monten demasiado jaleo en un momento en que debería estar sesteando; y ese parroquiano que se pide un sol y sombra tras otro, que permanece en la barra durante horas, en silencio, y del que todo el mundo en el pueblo conoce alguna historia truculenta que les impide acercarse a él, aunque le tratan con respeto e indiferencia. ¿Sabéis de quién os hablo? En este caso, se trata de la quimioterapia.

Tres historias

Hola, amigos. Hoy estoy aquí para contaros tres historias. No soy un gran contador de historias, eso lo dejo para gente mucho mejor y más hábil que yo. Sin embargo, y sin querer entrar en el intrusismo, hoy voy a convertirme en cuentacuentos para que, entre todos, echemos un ojo a una situación difícil que bien podría ocurrir. Y luego, quizá, poder reflexionar sobre un par de cositas. Vamos con ello.

Burocracia e investigación: una historia de trabas

Este blog se llama "Indignación científica". Muchas veces he dado rienda suelta a mi propia mala uva, dejando correr las letras y las líneas, contándoos las cosas que me enervan, sobre todo pseudociencias y actitudes claramente anticientíficas. Otras, he intentado divulgar un poquito de ciencia, algo que aclare las ideas de algún que otro personaje mal informado y mal informante. Y otras, que han sido varias, os he hablado de la práctica de la ciencia en este país, de a qué nos enfrentamos los científicos cuando intentamos ejercer nuestra profesión.

El artículo de hoy es parte de una colaboración, cuya autoría permanecerá en el anonimato. Sin embargo, con muchas de las cosas que dice estoy de acuerdo y las suscribo, así que en este blog doy cobijo a su queja para que, bajo el título de este blog, dé rienda suelta a su propia indignación.

Transgénicos: ¿ciencia o política?

Ya sabéis que hace unas semanas se despertó una amarga polémica por la carta que 110 premios Nobel firmaban a favor de la implantación de los transgénicos, acusando a Greenpeace de crímenes contra la humanidad por impedir el desarrollo de, entre otros, transgénicos como el célebre arroz dorado. Mucho se ha hablado ya de esta carta, de estar a favor, en contra, de misantropía, egoísmo... Seguramente todas estas cosas salgan en este artículo, aunque mi objetivo no sea este. Mi objetivo es otro. Hoy quiero hacer una reflexión. Los transgénicos, ¿son una cuestión política o científica?

Álcalis, mentiras y cintas de vídeo

Hace un tiempecillo ya, como muchos sabréis, tuve una polémica con una empresa de venta de productos para llevar una vida alcalina (¿?), que es superchachiguay y que intenta hacerse la estupenda para aparentar que venden algo que funciona, dedicados a sacar provecho de la ignorancia y la inocencia de aquellos a quienes intentan captar. Algunos ya vivísteis la historia en directo, pero creo que es momento de recopilarla y escribirla en condiciones, para dejar claro que lo único que hacen es intentar vendernos la moto. Vamos allá.

Innombrable, incalificable

Tras haber pasado más de tres meses (en realidad catorce semanas) divulgando sobre ciencia pura y dura, tengo que volver al origen porque siguen ocurriendo cosas que me hacen hervir la sangre. Y es que, igual que me calienta mucho el leer o escuchar ciertas cosas y me pongo de uñas con la gente que las dice, también me toca mucho la bolsa escrotal el extremo contrario. Es precisamente el caso que os traigo esta semana y que, creo, también conviene comentar bajo la lupa de la indignación y el cabreo más absolutos.

Una historia de poniente (VI): Acero valyrio, dentro y fuera del campo de batalla.

Daga de acero valyrio de Meñique. Fuente.

Y, finalmente, ¿para qué habría de servir tanto acero, tanta forja? Sólo para una cosa: para matar. Para derrotar a nuestros enemigos y dejarlos atrás. Para avanzar sin ellos. Eso nos permitió construir, mirar hacia otros lados y, dejando la guerra atrás, mirar al futuro con esperanza. Pues si el acero valyrio fue bueno para destruir, también lo fue para construir. Y su utilidad fue patente desde el primer momento en que se puso a trabajar en otros menesteres.

Una historia de Poniente (V): Los secretos de los Maestros Forjadores

Grabado medieval de un maestro forjador.
Fuente.

Los Maestros Forjadores eran muy respetados dentro de las casas a las que servían. No sólo ponían sus fabulosas creaciones a disposición de sus señores, sino que además pasaban meses ideando nuevas técnicas de forjado, nuevos materiales, nuevas formas para esas hojas que luego, muchas de ellas, se convertirían en famosas, para mayor gloria de sus dueños y también de sus creadores.

La mayor parte de estas artes permanecieron, y permanecen aún, en secreto, perdidas en la noche de los tiempos, reunidos sus poseedores con el Herrero. Sin embargo, muchos de los Maestros Forjadores que aún viven han recibido sus conocimientos de los Maestros Forjadores de antaño, quienes decidieron legar a sus discípulos no sólo los volúmenes en los que explicaban sus usos y sus artes, sino también la costumbre y la sabiduría de recoger dichos usos y artes en un soporte capaz de aguantar el paso del tiempo mucho mejor que el débil y corruptible cuerpo con que los Siete decidieron dotarnos.

Una historia de Poniente (IV): las Casas de Poniente

Las armas separaron a las gentes de Poniente en Casas. No sólo por su fuerza, sino también por sus características. De uno y otro confines, llegaban gentes más amistosas con unos que con otros y formaron familias. Unos eran hombres recios y adustos; otros, expertos marinos; otros, bastardos sanguinarios. Así, en base a sus afinidades, a sus parecidos y a sus diferencias, las Casas de Poniente adquirieron una entidad propia.

Blasones y lemas de las principales casas de Poniente, respetando los colores heráldicos propuestos
por G. R. R. Martin en Canción de Hielo y Fuego.

Una historia de Poniente (III): las armas de los Siete Reinos

Cada vez eran más formidables. Cuanto más rugían los fuegos y tañían los martillos sobre los yunques, mejores armas fabricaban los Maestros Forjadores. El acero se volvía más resistente, más afilado, más duradero. Los maestres venían desde Antigua, enviados por la Ciudadela, para aprender nuestras artes y registrar la ciencia de nuestro forjado. 

Guardajuramentos, espada de acero valyrio forjada a partir de Hielo, el espadón de la familia Stark, por Tywin Lannister.
Entregada a su hijo Jaime, capitán de la Guardia Real, y después a Brienne de Tarth. Fuente.

Una historia de Poniente (II): los ándalos, los rhoynar y los Primeros Hombres

Pocos, muy pocos quedamos ya que nos acordemos de cómo resistíamos al enemigo en los antiguos tiempos. Realmente, los que tenemos memorias de aquello no vivimos en aquellos tiempos, sino que hemos consultado los antiguos volúmenes, dormidos en vetustas bibliotecas, aguardando a que alguien los levante de los anaqueles. Las ayudas recibidas, el desarrollo de nuevas técnicas, el aprendizaje... todo esto ha mejorado y, por qué no decirlo, también ha pervertido y dejado de lado la función de aquellas maravillosas murallas que construyeran nuestros antepasados ante las primeras invasiones hostiles que quisieron arrasar nuestras tierras. Sin embargo, cuando la amenaza resurge, siguen siendo nuestra primera línea de defensa.

Una historia de Poniente (I): Introducción

Hubo un tiempo, en el amanecer de los Siete Reinos, en que las casas tendieron alianzas para hacer grande a Poniente. Las amenazas venían de fuera. Los peligros eran ajenos, tomaban muy distintas formas y pujaban por destruir este frágil reino. Amenazas cuyo único objetivo era consumir esta tierra para mantener su propia existencia a costa de la nuestra. Entonces hubo unión. Se luchó codo con codo para arrasar a los invasores. Y cuando cayeron, gracias a las fuerzas combinadas de todos los benditos habitantes de estas malditas tierras, sobrevino un tiempo de prosperidad que se ve roto por todos y cada uno de los que ahora prefieren ir por su lado. 

Pero la amenaza regresará. Y, cuando regrese, no habrá división. 

¿Existe el VIH? (y VIII): Conclusiones

Hemos pasado varias semanas analizando las evidencias que tenemos sobre la existencia del virus VIH. Hemos visto sus micrografías, analizado su genoma y sus proteínas. Hemos visto cómo podemos usar los anticuerpos que se producen frente al VIH para detectar su presencia y diagnosticar a un paciente. También hemos repasado cómo utilizar las herramientas más potentes de biología molecular para determinar la existencia de material genético del virus en una muestra determinada.

Todo este tiempo nos lleva indudable e inexorablemente a la única conclusión válida que se puede extraer: sí, el VIH existe. Es real. Tenemos sus fotos, sus proteínas y su genoma aislados, secuenciados, troceados, clonados, editados e incluso mutados. Y su existencia no puede negarse en base a todas las evidencias que hemos ido extrayendo.

¿Existe el VIH? (VII): PCR y VIH

Prototipo "Baby Blue" de termociclador del año 1986. Fuente.

Estamos llegando ya a la recta final de este monográfico sobre el VIH que comenzamos hace tiempo. Hemos dado un paseo por todas las evidencias que tenemos del virus y hemos descrito los métodos inmunológicos de diagnóstico que, en conjunto, confirman la presencia del VIH en un paciente y, por lo tanto, su existencia.

Pero por si existiera aún alguna duda sobre la existencia del VIH, existe una herramienta aún más poderosa si cabe: la reacción en cadena de la polimerasa o PCR. Esta herramienta, cuya función es conseguir una cantidad de ADN suficiente como para poder trabajar con él a partir de una muestra con un contenido muy bajo en ADN puede utilizarse para amplificar fragmentos concretos de un ADN muy concreto. En este caso, se puede amplificar el genoma del VIH. Y sí, sé que el VIH es un virus ARN, es algo que ya he comentado. Pero la PCR ya no es la misma que en 1986 y ha mejorado hasta el punto de poder incluso cuantificar el ARN de la muestra inicial de la que partíamos al principio.

¿Existe el VIH? (VI): Diagnóstico por Western Blot.

Equipamiento básico para Western Blot. Fuente:
http://brc.boisestate.edu/dna-and-protein-isolation-and-characterization/

En nuestro último capítulo sobre el monográfico sobre el VIH, describíamos la técnica del ELISA y cómo nos servía para determinar la presencia tanto de las proteínas propias del VIH como de los anticuerpos frente a las mismas. Sin embargo, el ELISA no puede ser un diagnóstico definitivo por los problemas que comentábamos allí sobre reactividad cruzada que algunas proteínas provenientes del VIH presentaban con proteínas de hongos (Candida sp.), bacterias (Borrelia burgdorferi o Treponema pallidum) y otros virus (gripe).

Hoy vamos a internarnos en el Western Blot, otro método de inmunodetección, algo menos específico que el ELISA, pero que, juntos, nos pueden determinar la presencia de anticuerpos del paciente frente al VIH o de las proteínas propias del virus.

¿Existe el VIH? (V): Diagnóstico por ELISA

Placa de 96 pocillos para ELISA. Fuente:
http://www.cyto.purdue.edu/cdroms/cyto2/9/biology/index.htm

Bienvenidos de nuevo a este monográfico sobre la existencia del VIH. Nos metemos ya con los tres capítulos que nos van a servir para estudiar los métodos de diagnóstico, dejando claras sus fortalezas y debilidades, para terminar encajando todas las piezas.

Comenzaremos hoy con el ELISA, un método basado en la detección específica de proteínas con anticuerpos frente a las mismas. Como vimos en el capítulo anterior, los anticuerpos se unen de forma altamente específica a sus antígenos, de forma que cada anticuerpo puede unirse únicamente a un antígeno, excepto en caso de reactividad cruzada, como también mencionábamos. Pues el ELISA se aprovecha de esta capacidad de los anticuerpos para detectar proteínas concretas del VIH o bien los anticuerpos que produce el paciente frente a estos antígenos víricos.

¿Existe el VIH? (IV): Antígenos y anticuerpos. Generalidades.

Partículas virales de VIH. Se distinguen perfectamente la envuelta
y la cápside interna, además de las moléculas de superficie. Fuente:
histology.leeds.ac.uk/what-is-histology/The_electron_microscope.php

Bienvenidos a esta cuarta entrega de esta serie sobre el VIH y su existencia. Hasta ahora, hemos visto cómo surgió el negacionismo, en respuesta a su descubrimiento por parte de Montagnier y Gallo. En las dos siguientes entregas vimos cómo el VIH deja las evidencias de su existencia, bien en forma de micrografías, genoma y proteínas, bien en forma de retrotranscriptasa, sin posibilidad de confusión con la hTERT con quien algunos dicen que podría confundirse.

Hoy, antes de entrar de lleno en los métodos de diagnóstico y comenzar con el Western Blot, vamos a describir unas nociones de inmunología que nos servirán para poder entender las técnicas de diagnóstico con anticuerpos. La semana que viene le dedicaremos tiempo al ELISA y la siguiente al Western Blot.

¿Existe el VIH? (III): Retrotranscriptasa vs. hTERT

Partículas de VIH marcadas con oro. Los puntos pequeños son moléculas de
GAG marcadas. Fuente: https://depts.washington.edu/jaisril/microscopy/

Hace dos semanas empezamos con esta serie que intenta dilucidar si tenemos o no evidencias de que el VIH existe o es una conspiración mundial para... para... bueno, para algo. Hasta ahora, en las dos primeras ediciones, hemos hecho una pequeña introducción al problema del negacionismo, con un bosquejo histórico del negacionismo y del principal grupo negacionista y una recopilación de evidencias físicas que hemos analizado por medio de herramientas bioinformáticas.

Hoy vamos a abordar un punto que se convierte en controversia por desconocimiento. Hay quien considera que una subunidad de la telomerasa, que es capaz de usar ARN como molde, es una retrotranscriptasa equivalente a la del virus. Vamos a demostrar por qué no es así y a señalar cuáles son las diferencias entre una y otra para dejar claro por qué no se pueden confundir entre sí.

¿Existe el VIH? (II): Evidencias físicas del VIH.

Proteína GAG del VIH ensamblándose y saliendo por gemación de la membrana
plasmática. Autoría: The Lingappa Lab & The Fred Hutchinson Cancer Research
EM facility, 2006. Fuente: https://depts.washington.edu/jaisril/microscopy/

La semana pasada comenzábamos una serie de ocho artículos que pretende dar respuesta a algunas de las personas que niegan la existencia del VIH y/o su relación causal con el SIDA. Comentábamos cómo se descubrió el virus y cómo, desde el mismo momento de su aparición, hubo un movimiento que se lanzó a una carrera para negar cualquier paso que se diera en la investigación relacionada con el VIH, negando su relación con el SIDA o incluso llegando a decir, bien que el VIH no era patógeno, como Peter Duesberg, bien que el SIDA se debía a otras circunstancias como la pobreza o el sexo homosexual, como el grupo de Perth.

Hoy vamos a tomar una de las alegaciones centrales de su negación: que no hay evidencias de la existencia del virus. Vamos a coger varias de estas evidencias físicas de la existencia del VIH y las iremos comentando poco a poco, desgranándolas con el fin de demostrar si el VIH existe y si su presencia se ha ido confirmando, y no sólo por haberse visto el propio virus, sino por otros métodos.

¿Existe el VIH? (I): Una pequeña introducción.

Viriones del VIH en verde. Fuente:
http://www.cdc.gov/media/images/dpk/2014/dpk-vs-hiv-stages/img4.jpg

Por cosas de la vida, y también un poco por la condición que tiene uno, me he visto envuelto hace unos días en una discusión sobre la existencia del virus VIH. Sí, ya sabéis, ése que produce el SIDA. Pues resulta que hay gente que niega que exista. Niega que se haya aislado. Incluso niega que se haya clonado, expresado sus proteínas, aislado su genoma... Seguro que muchos estáis pensando en Pàmies y acertaríais, pero lo cierto es que existen grupos organizados, incluso, como el de Perth.

Pero si, como afirman, el virus no existe, ¿qué hacemos con todas las evidencias que tenemos de su existencia? ¿Qué hacemos con nuestro trabajo los que ya hemos manejado proteínas del propio virus? ¿Qué hacemos con todo el conocimiento que tenemos del mismo? Es más, ¿cómo encaja en sus afirmaciones todo ese conocimiento acumulado? Pues para todo esto tienen respuesta. "Y lo que vino a continuación, te sorprenderá", como suelen decir los clickbaits.

Borregos Illuminati: Carta abierta

Hoy os reblogueo desde aquí una carta que suscribo completamente y, por ello, firmé. Os podéis sumar a la misma sin problemas:

A la atención de la autoridad pública competente:

Nos dirigimos a ustedes con preocupación ante el anuncio de la charla que Josep Pàmies tiene previsto impartir en su municipio en fechas próximas.

Decimos con «preocupación» porque el señor Pàmies es conocido por sus afirmaciones pseudocientíficas, realizadas sin el sustento de la evidencia científica correspondiente en un terreno tan delicado como es el de la sanidad y la salud. La  celebración de dicha charla deja en claro desamparo a los potenciales asistentes, que pueden tomar por ciertas las afirmaciones de este agricultor catalán. El posible público receptor de esta charla acude en muchos casos desesperado, acuciado por problemas de salud que requieren de soluciones reales y sustentadas por evidencias, estudios contrastados y pruebas empíricas suficientes.

Josep Pàmies no tiene colegiación médica alguna, no cuenta con las acreditaciones necesarias para hablar sobre plantas medicinales y sus efectos, que, no sólo desconoce, sino que también inventa. Entre sus afirmaciones podemos encontrar...